Sau khi xây dựng, chuồng nuôi chim cút cần tạo ra được tiểu khí hậu chuồng nuôi phù hợp với nhu cầu sinh lý của chim, cụ thể là:

a. Nhiệt độ thích hợp:
Nhiệt độ thích hợp cho chim cút non là 35-24o C, chim cút đẻ là 18-25oC. Nóng quá hay lạnh quá đều làm cho chim cút giảm năng suất vì cơ thể phải tiêu tốn năng lượng để điều tiết thân nhiệt. Nhiệt độ chênh lệch giữa ngày và đêm càng lớn càng gây stress mạnh, ảnh hưởng đến hoạt động sinh lý, khả năng sinh sản, làm xáo trộn chu kỳ đẻ trứng bình thường của chim. Do đó, chuồng nuôi cần giữ cho nhiệt độ càng ổn định và thích hợp càng tốt.

Trong điều kiện nóng ẩm, sức sản xuất của chim bị ảnh hưởng nghiêm trọng. Chim cút không có tuyến mồ hôi, lại có bộ lông vũ bao phủ nên chim rất khó thoát nhiệt khi gặp nóng. Trong trường hợp nhiệt độ chuồng nuôi cao, cơ thể chim chỉ có thể hạ nhiệt bằng cách xoà cánh, uống thêm nước, dồn máu từ cơ quan nội tạng ra mạch máu ngoại vi, chim há mỏ ra để thở làm tăng tần số hô hấp, thải nhiều nước, khí CO2, làm giảm lượng H2CO3 dẫn đến kiềm hoá máu, thay đổi áp suất thẩm thấu của máu. Những biến đổi này sẽ làm cho chim không thể thực hiện các chức năng sinh lý bình thường, rối loạn trao đổi chất.

Điều kiện nóng ẩm còn làm cho chim giảm lượng thức ăn thu nhận hàng ngày, giảm hiệu quả sử dụng thức ăn, giảm tốc độ sinh trưởng và chất lượng thịt, giảm khả năng đẻ trứng và chất lượng trứng, giảm tỷ lệ ấp nở và tỷ lệ nuôi sống; giảm sức đề kháng và khả năng đáp ứng miễn dịch. Tăng hiện tượng mổ cắn nhau, tăng nhu cầu về diện tích chuồng nuôi, nhu cầu về không khí sạch và chi phí làm mát. Hậu quả chung là làm giảm sức sản xuất và giảm hiệu quả chăn nuôi.

b. Thoáng khí:

Nhu cầu không khí sạch của chim cút tương tự như của các loài gia cầm khác: 21% oxy; các khí độc như CO2 và hàm lượng các khí độc hại khác: NH3, H2S… không được vượt quá 0,3%. Để đảm bảo nhu cầu đó, chuồng nuôi cút cần có độ thoáng mát cao, thường xuyên không khí sạch được luân chuyển trong chuồng nuôi.

c. Yên tĩnh:

Chim cút nuôi hiện nay có nguồn gốc là cút rừng sống hoang dã, chui lủi… có bản tính cút rất nhút nhát. Dù đã được thuần hoá từ lâu, nhưng chim cút nuôi vẫn giữ được nhiều bản tính của tổ tiên, thần kinh nhạy bén, lại có thính giác và thị giác rất phát triển nên chúng dễ bị kích động bởi các tác động của môi trường, đặc biệt là âm thanh, ánh sáng, người lạ. Do đó, để cút sinh trưởng, sinh sản tốt, cần giữ một môi trường yên tĩnh và không xáo trộn.

Hiện tượng xấu thường thấy nhất trong các chuồng nuôi là khi có tiếng động mạnh hoặc có người lạ vào chuồng… chim cút sẽ đột ngột bay dựng lên, đập đầu vào trần, vỡ đầu hay ít nhất cũng bị chấn thương sọ não. Nếu bị stress nhiều, kéo dài, chẳng hạn khi chuyển chuồng, tiêm phòng… sẽ xuất hiện hiện tượng phân ướt như sáp, màu vàng nâu.

d. Vệ sinh:

Cùng với sự phát triển của đàn chim cút, gần đây mật độ vi trùng gây bệnh trong các khu vực chăn nuôi cũng tăng cao. Việc tuyển chọn con giống có khả năng miễn dịch và năng suất trứng cao là yêu cầu cấp bách. Bên cạnh đó, cần phải xây dựng một môi trường chăn nuôi đảm bảo an toàn sinh học, hợp vệ sinh, tạo điều kiện thuận lợi để cho cút phát triển, phát huy được tối đa tiềm năng di truyền của phẩm giống.

e. Đề phòng mèo chuột:

Khác với chăn nuôi gà, vịt- các loài gia cầm có khối lượng tương đối lớn và khỏe, chim cút có cơ thể nhỏ, rất "vừa" ăn đối với mèo hoang và chuột. Thực tế chăn nuôi chim cút cho thấy, đây là món ăn "khoái khẩu" của cả chuột và mèo, có đàn chim cút đã bị mèo, chuột ăn thịt và cắn chết hàng trăm con chỉ trong 1 đêm, gây tổn thất rất lớn, làm nản lòng người chăn nuôi. Vì vậy, khi thiết kế chuồng trại, trong quá trình chăm sóc nuôi dưỡng… người chăn nuôi phải luôn chú ý đến việc chống các động vật nguy hại và nguy hiểm này. Vì chúng rất phổ biến, lại luôn sống cạnh con người nên việc tiêu diệt chúng là điều không đơn giản.